Nueva EPS: Hallazgos de la Contraloría detectó millonarias irregularidades y fallas en su gestión

La Contraloría General de la República emitió una alerta administrativa sobre la Nueva EPS, tras un operativo de policía judicial desarrollado en julio de 2025. El organismo recopiló 4.524 archivos que abarcan aspectos financieros, técnicos, administrativos y jurídicos correspondientes a las vigencias 2022, 2023, 2024 y el primer semestre de 2025.

La investigación se adelantó ante la falta de estados financieros certificados y deficiencias en los sistemas de información que impiden un control adecuado de la entidad, que hoy cubre a cerca de 11 millones de afiliados, equivalentes al 22% de la población en el sistema de salud.

El análisis preliminar de los datos permitió a la Dirección de Información, Análisis y Reacción Inmediata (DIARI), generar una alerta por las presuntas irregularidades relacionadas con el incremento de anticipos, el represamiento de facturas sin auditar, el aumento de cuentas por pagar, falencias en la contratación de prestadores y deficiencias en la constitución de reservas técnicas.

Los hallazgos preliminares revelan un incremento progresivo de los anticipos pendientes por legalizar. Entre 2023 y 2024, estos pasaron de 3,4 billones de pesos a 8,6 billones, lo que representa un crecimiento del 155%. A junio de 2025 la cifra alcanzó los 15,27 billones, de los cuales 143 mil millones corresponden a operaciones que superan los dos años sin legalizar. Aún permanecen sin legalizar 5,7 billones de la vigencia 2024, lo que evidencia retrasos en el manejo de recursos.

En facturación, la revisión de los archivos encontró 22,7 millones de registros por un valor de 22,1 billones de pesos. Dentro de ese total se identificaron más de 9 millones de facturas repetidas por 8,9 billones.

Eliminadas estas duplicaciones, quedaron 13,2 billones pendientes de procesar. El 97% de estas facturas no ha sido sometido a revisión, distribuidas en un 37,1% de 2024 y un 59,9% del primer semestre de 2025. Según la Contraloría, la ausencia de validación genera inconsistencias contables y afecta la transparencia en el manejo de los recursos.

El organismo de control advirtió también que el 40% del valor pendiente por procesar se concentra en 36 prestadores de una red nacional de más de 2.700, lo que representa 5,2 billones de pesos. Este nivel de concentración eleva los riesgos fiscales en caso de incumplimientos. En materia tecnológica, la Nueva EPS no acreditó la capacidad exigida para el procesamiento de datos, lo que limita la calidad de la información y la vigilancia fiscal.

Otro aspecto señalado fue la contratación. En varias carpetas no se encontraron soportes documentales de los contratos, en contravía del Decreto 441 de 2022 que regula los acuerdos de voluntades para la prestación de servicios de salud. A marzo de 2025, las cuentas por pagar sumaban 21,3 billones de pesos, mientras que las reservas técnicas presentaban una subestimación de 11,1 billones al cierre de 2024.

La Contraloría trasladará el expediente a la Delegada para el Sector Salud, que tendrá que establecer eventuales responsabilidades fiscales. El caso también será enviado a la Fiscalía y la Procuraduría para que determinen posibles implicaciones penales y disciplinarias.