El ex ministro de Agricultura fue vinculado al caso de Agro Ingreso Seguro, y por esto fue condenado a 17 años de prisión. Él siempre ha manifestado su inocencia. Analistas indican que fue un caso político motivado en la Corte Suprema de Justicia en venganza contra el expresidente Álvaro Uribe, quien consideraba a Arias como una importante carta política.
Aquí algunas de las motivaciones que muestran la inocencia de Andrés Felipe Arias.